Dans un arrêt du 19 juin 2006 (Association Eau et rivière de Bretagne, n° 282456), le Conseil d’Etat pose le principe selon lequel « lorsque des dispositions législatives ont été prises pour assurer la mise en oeuvre des principes énoncés aux articles 1, 2 et 6 de la Charte de l’environnement de 2004, (…) la légalité des décisions administratives s’apprécie par rapport à ces dispositions, sous réserve, s’agissant de dispositions législatives antérieures à l’entrée en vigueur de la charte de l’environnement, quelles ne soient pas incompatibles avec les exigences qui découlent de cette charte ». La solution retenue, certes non inédite, revient à restreindre la portée de la Charte à « ce qu’en dit la loi ».
Dans une décision du 4 août 2006 (CRILAN, n° 254948), le Conseil d’Etat juge pour la première fois que le principe de prévention posé par l’article L. 110-1 du Code de l’environnement peut être utilement invoqué à l’encontre d’une décision administrative. A l’instar du principe de précaution, le juge administratif procède en cette matière à un contrôle restreint.